高等教育研究所现有专职人员12人，其中教授2人，副教授3人。根据工作需要，下设所办公室、院校研究中心、高等教育研究中心、工程教育研究中心、长三角教育现代化研究中心、期刊编辑部共“四心一部一室”，四心的功能主要体现在学科建设，人才培养、院校研究和区域研究方面。“一部”即杂志编辑部，负责《化工高等教育》的编辑工作。高教所建有高等教育学硕士点。