1982年华东理工大学设立高等教育研究室；
1988年9月扩展为高等教育研究所；
1995年隶属关系从由原先的党委书记兼任研究所所长改为由负责学校教学工作的副校长主管；
2003年获得了高等教育学硕士学位点，2004年开始招生；
2006年获得教育经济与管理硕士学位授予权，2007年开始招生；
2015年成为学校直属机构，建立直属党支部；
2019年获得教育学一级学科硕士点，在高等教育、工程教育、教育技术三个方向招收学术型硕士研究生；
2021年与上海市教育科学研究院联合成立“长三角教育现代化研究中心”。
高教所历任所长如下：
所长 | 任职年限 |
蒋凌域（校党委书记兼任所长） | 1994年前 |
许一铭所长 | 1994.8—1996.12 |
翁元垣所长 | 1996.12—2000.1 |
田镇华副所长 | 1997.7—1999.1 |
何仁龙所长 | 2000.1—2006.11 |
潘艺林副所长 | 2006.11—2012.12 |
谭文松所长 | 2009.12—2015.10 |
周玲所长 | 2015.10—2023.9 |